早在1981年我校开始对高等教育学进行系统研究，率先在湖北省成立了高等教育研究室，2001年组建中国地质大学高等教育研究所。2003年高等教育学硕士点获得批准，2004年正式招收研究生。2007年教育经济与管理专业开始招生，下设教育管理、教育经济与财政、教育发展战略3个专业方向。2011年教育学一级学科硕士点获得批准，下设教育学原理、比较教育学、高等教育学、科学教育学4个专业方向。2018年获批教育经济与管理二级学科博士点。2021年1月，高等教育研究所与马克思主义学院心理学研究所联合组建教育研究院，是学校直属的教育研究和人才培养单位。2025年12月，学校决定撤销教育研究院二级单位及教育研究院党总支部建制，对外保留教育研究院牌子。